Yeterlilik sınavım...

Yeterlilik sınavımın tarihi belli oldu: 5 Ağustos 2011. Doktora öğrenciliğinden doktora adaylığına terfim onaylanacak ya da en geç Eylül 15'te olmak üzere son bir hak daha verilecek (aslında bir de direk atılma seçeneği var ama bunu düşünmek istemiyorum bile.)

IST-Austria'daki yeterlilik sınavı, tez alanında genel bilgileri ve danışmanla belirlenen 5-10 makalelik okuma listesindeki araştırmaların detayları üzerine olacak. Tabii, bir de tez önerim üzerine sorular yer alacak.

Tez alanım belirli elbette: evrimsel niceliksel genetik. Bu aralar sıkı bir çalışma içine giriyorum. Çok temel kavramları bile bilmediğimi itiraf edeyim.

Tez konumu ve önerimi 1-2 ay içinde ayrıntısı ile şekillendirmem gerekiyor ama kaba bir isimlendirme ile bugün <<İstatiksel mekanik yaklaşımı ile evrimsel genetik>> diyebilirim. Niceliksel tür özellikleri evriminin istatiksel mekanik yöntemi ile incelenmesi tezimin ana kısmı. Bilgi teorisi ile gen ifadesinin tahminin araştırmaları da eklenebilir gibi.

Okuma listesini danışmanım (Nick Barton) 2-3 gün önce elime verdi. Sıradan bir okuma ve özetten çok daha fazlası bekliyor beni. Listem, Nick'in giriş yazısı ile şöyle:

Reading list: Evolutionary quantitative genetics

What is the relation between genotype and phenotype?  There are (at least) two ways to approach this question: a statistical analysis, using classical quantitative genetics, and mechanistic modelling of gene regulation and development.  These are being bridged by mapping of quantitative trait loci (QTL), using laboratory crosses and association studies in natural populations - yet the different approaches are still in practice undertaken by different communities.

General:
1- Barton et al., 2007 Evolution, Chs. 14, 19

Mapping quantitative trait loci:
2- Falconer, D. S., and T. F. C. Mackay. 1995. Introduction to quantitative genetics. Ch. 21 Longman, London.
3- Weber, K. E., R. Eisman, L. Morey, A. Patty, J. Sparks, M. Tausek, and Z. B. Zeng. 1999. An analysis of polygenes affecting wing shape on chromosome 3 in Drosophila melanogaster. Genetics 153:773-786.
4- Yang, J., B. et al. 2010. Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height. Nature Genetics 42:565–569.

Response to selection:
5- Barton, N. H., and P. D. Keightley. 2002. Understanding quantitative genetic variation. Nature Reviews Genetics 3:11-21.

Maintenance of variation:
6- Falconer, D. S., and T. F. C. Mackay. 1995. Introduction to quantitative genetics. Ch. 20 Longman, London.
7- Turelli, M. 1984. Heritable genetic variation via mutation-selection balance: Lerch's zeta meets the abdominal bristle. Theoretical Population Biology 25:138-193.

Quantitative variation in gene expression:
8- Nuzhdin, S. V., A. Rychkova, and M. W. Hahn. 2010. The strength of transcription-factor binding modulates co-variation in transcriptional networks. Trends in Genetics 26:51-53.

Mechanistic relation between genotype and phenotype:
9- Lander, A. D. 2011. Pattern, Growth, and Control. Cell 144:955-969.


Hadi iyi çalışmalar bana...

17.04.2011, Viyana

Evim evim güzel evim...

Yaşım 28. Bu yazıyı okuyan birsi varsa, muhtemelen ondan kat ve kat sayıda evim olmuştur herhalde; zenginimdir barınak yönünden yani. Şöyle bir saymaya kalksam, otuzu bulur sayısı. Bunların kiminde çocukluğun güzel günlerini geçirmişimdir, kiminde kaçak yaşamışımdır, kiminde evi paylaşmışımdır. Sadece bu mu? Kiminde banyo bile bulunmaz, kiminde çiftedir hem de en lüksünden misal. Ama şimdiki farklı, yaşım dediğim gibi yirmi sekiz ve ilk defa benim seçtiğim, zevkime göre derleyip döşediğim, ahengini düzenlediğim; pek bi kısaca, sadece benim dediğim bir evim var.

Ev deyip geçmeyelim, sosyal hayvan insan için önemlidir barınak ihtiyacı. Elbette duvarlar arasına sıkışmak zorunda değil: keçi yününden örülmüş yörük çadırları da olur, muşamba ile örtülmüş çingene çadırları da. Hepsi aynı hayvansal öz duygularımıza gitmiyor mu? Güvende olma ihtiyacı. O yüzden demiyor muyuz acaba: ''Evim evim güzel evim''? Bir mekanımız olsun istiyoruz koskoca alemde, çirkin veya küçük, fark etmez. Yeter ki benim olsun, güvende olayım.

İşte bu kadar, yaş oldu 28. İlk defa evim oldu. Mutluyum. Buyrun siz de izleyin penceremden evreni!