AN

Geri sayım başladı. Yeni bir yıl için heyecan ve iştahla bekliyoruz artık. Hayaller için koskoca bi yıl hazırlanmış, paketi bitmek üzere. İki haftadan da kısa bir zaman içinde neredeysen bulacak seni. Sonra saat 00.00'a 10 saniye kala eline tutuşturulucak. Ve geriye sayacaksın, 9...8..7......2..1... Değil mi?

Sonra sıra gelecek geçmişi toparlamaya. Benim çocukluğumda olurdu hani, yaza doğru kışlıklar yıkanır, naftalinlenir, sandıklara yerleştirilirdi ya; aynen öyle ayıklayacaksın anıları, iyisi kötüsü diye değil belki, hafızana kazınanları sandıklayacaksın. Gelecek kış olmasa da arada bir yeri geldikçe çıkarıp bakmak için. Değil mi?

Ey Zat!, dinle beni. Ne geçmiş var belki hatırlanmalı ne de gelecek var umutlanmalı. Yaşanan bir tek şu içinde olduğun AN. Var farkına. Gelmiş de gelecek de zihninin fena bir oyunu. Ya da nasıl diyeyim? Naif hayvan doğandan seni alıkoyan, geçen binlerce yılda evrimleşmiş ama hala yapay kalmış, seni kalıplara sokup sokup çıkaran insan kültürüne boyun eğme hali. Benden söylemesi. Unut geçmişi, unut geleceği. Bütün vucudun ve halinle şu ANda kal.

ANlamak ümidiyle, hoşçakal.

Can Baba

Şiirler güzeldir... ama bazıları ayrıcalıklıdır... hele hele bazı şairlerin şiirleri pek bir farklıdır bana.. Onlardan birisidir Can Baba.. Baba dediğime bakmayın, zira pek bir başka boyuttaki rakı soframda Dedem gibidir. Ağzı bozuktur ama sahicidir sonuna kadar, yani diyeceğim: bilirsiniz kitap ya da film kahramanı olmadığını. Hınzırdır gülümsemesi, söküktür ceketi ama hissedersiniz ciddiyetini... Öbürleri gibi zor kelimelerle kolaylamaz hayatı, aksine hayatı basitçe anlatacak kadar zorlar insanı... Fanidir dünya ya, ne edip etmeli bulmalı, rakı soframa yine oturtmalı diyordum nicedir... Eh işte cevabı da ondan buldum geçenlerde...

Leben...

İçindeki küçük çocuğun cazibesine o kadar kapıldılar ki, bu yapay dünya uydurmalarından ve çirkinliklerinden kaçıp kendilerine saklandılar. Uydurulan dünyaya inat, onlar saf insan doğasına uydular. Güldüler, sürat asılması gerekirken; bağırdılar, lal olmak kafi iken; kalabalıklardan kaçtılar, sürüde olmak kolay iken.

Bizler onlara deli dedik, sadece gördüğümüzde düşünüverdik ah vahlarla! Küçümsedik onları hep (ortaklığımızı görmemek için).. Ama onlar saf kaldılar biz ne dersek diyelim, ve saflığın güzelliğini yeniden yarattılar pek çoğu zaman. Örneğini görmek ister misiniz? Buyrun gelin yaşadığım kasabaya, Gugging Müzesi'ne davetlisiniz.




Bizim enstitünün (IST-Austria) yerleşkesinin ve binalarının tarihi epey bi eski. Neredeyse yüzyıl önce kurulmuş ve geçen on sene öncesine kadar da faal olmuş bir psikiyatri kliniği (evet! çalıştığım bina da bunun bir parçasıymış:). Bu kliniği meşhur kılan ise özellikle 60'larda bir doktorun tesadüfi gözlemleri ile başlatılan sanat ile tedavisi olmuş. Bizlere tanıdık geliyor değil mi, tarihte Osmanlı'da ve Arap-İslam dünyasında bu tür yöntemlerin kullanıldığını duymuştuk. Bu tedavi yöntemi ortaya çok güzel, ve hatta dünya çapında ses getirecek eserler çıkarmış. Ne de olsa buradaki sanatçıların, parayla pulla şöhretle takıntıları yokmuş işte. Bugün, Gügging müzesi ve hala aktif Sanatçılar Evi Art/Brüt akımının en güzide yerlerinden biri. Sizle en beğendiğim sanatçılardan August Walla'nın 360 derecelik resmini paylaşayım.

Peki, başa geri döneyim. Sizce sadece aşağılandılar mı? Sadece itildiler mi bir köşeye zannediyorsunuz? Hayır, işkenceden beter deneylere denek oldular; aç bırakılıp ölüme terk edildiler; gazlanıp cayır cayır yakıldılar. Ve deli olmayan! insanlık üç maymunu oynadı bunlar olup biterken. Daha fazlası için:

http://www.memorialgugging.at

Ya da gelin enstitümüzün bahçesinde ki anıta bir göz atın! Belki daha çok şey söyler size...

Gen Düzenlenmesi Evriminde Bilgi Teorisi'nin Yeri (?)

Ah şu genler ah.. Çevreyle bir olup can'ı ayarlayanlar onlar!

Peki ya bu genlerin etkinliğini düzenleyen nedir? Başka bir değişle hücre içerisinde yumak olmuş DNA üzerindeki bu özel kodların hangisinin okunup okunmayacağını, bu kodlara göre proteinlerin inşaa edilmesini sağlayan dinamiğin ayrıntılarını biliyor muyuz?

Basit olarak niteleyebileceğimiz prokoryat canlılarda bu mekanizma direk olarak dış koşullara göre gerçekleşiyor demek yanlış olmaz herhalde. Yani çevredeki A maddesinin değişimi moleküler boyutta bir dizi direk etkileşimle belirli genin aktifliğini veya pasifliğini belirliyor.

Daha karmaşık (ökaryotik) canlı hücrelerde mekanizmanın ardışık ve çoklu genlerin başka genleri tetiklemesi veya durdurması şeklinde olduğunu kontrollü olarak (labaratuar ortamında) gözlüyoruz. Yani gözünüzde canlandırırsanız; sayıları binler mertebesinde olabilen genlerin bir ağ yapı gibi birbirine bağlı olduğunu biliyoruz.

3-4 sene önce ilk yüksek lisansımı yaparken, gen düzenlemesinin boolyan ağlarla modellenmesi üzerine çalışmıştım. Bizim yaklaşımımız çok küçük zaman dilimlerinde, hücre içinde yaşanan bu gen düzenlenmesi dinamiğini, belki de elimizdeki kısıtlı hesaplama gücünden kaynaklı (günümüz bilgisayarlardan bahsediyorum), basitleştirilmiş şekilde; genlerin durumu ya etkin ya da pasif olarak iki durumlu ve eşzamanlı deterministik güncellemelerle taklit etmeye çalışmaktı. Bu çalışma beni bu mekanizmanın neden-nasıl böyle olduğunu sormaya itti haliyle. Tabii demek istediğim matematikçe güzel betimlenmiş ve kabul görmüş kuramların varlığı daha ziyade.

O zamanlar karşılaştığım çalışmalardan biri (Balcan vd., PlosONE, 2007) bu gen düzenlemesi ağ topolojilerinin nasıl ortaya çıkabileceğini bilgi kuramsal olarak irdeleyen ve üstelik Maya hücresinin gen ağ yapısını istatiksel olarak çok başarılı bir şekilde tahmin eden bir çalışma idi. Belki de bir başka deyişle, karmaşık gen etkileşimlerinin kaynağını anlamaya uzanabilecek bu çalışma. Makalelerinde evrime dair herhangi bir söz yoktu ama haliyle epey evrimsel bir çalışma idi benim gözümde. Sanırım ilk ciddi ilgim burda başladı biyolojik evrime dair.

Şimdi biraz geçte olsa nihayet evrimsel genetik çalışacağım IST-Austria'da doktora yapıyorum. Çalışmalarım genelde kuramsal olacak ama hem labaratuar hem de alandaki çalışmaları takip edebilmeyi de bi hedef belledim kendime. Doktora danışmanım ise kuramsal evrimsel genetikte neredeyse her dalında ismi bilinen biri: Nick Barton. Şanslıyım bir bakıma, tam tamına çalışmak istediğim bi konuda, alanında en iyi kuramsal genetikçilerden biriyle çalışıyorum.

Daha geleli 1 ay oldu diyebilirim, henüz yavaş yavaş ısınıyorum zahir. Ama bu aralar üzerinde olduğum başlangıç (ve IST-Austria doktora eğitimi içinde ilk rotasyon) projesinden bahsetmezsem hata olur. İlerleyen günlerde çok daha detaylı bir yazı da görebilirsiniz diye bir yandan haber de vereyim. Nick, benim konuya ilgim olduğunu bilerek kendisinin haberdar ve oldukça ilgili olduğu bir çalışmayı önüme getirdi. 6-7 haftalık bir küçük proje olarak başlamak için ideal bir konu. Çalışma Tkacik vd. (PNAS, 2008) makalesi üzerinde toplanmış ve hala devam eden bir araştırma üzerinde olacak. Çok kısaca, bahsedilen makalede yazarlar gen düzenlenmesinde giren (EN: Trancription Factors) ve çıkan proteinlerin dağılımını kontrolü ortamda gözlendiğini ve yaptıkları bilgi bazlı kuramsal hesaplamalarda (en azından basit br haliyle) dağılımların Shanon'ın bilgi teoresindeki gürültülü ortamda bilgi iletiminde üst sınır olan bilgi kapasitesine çok yakın değerlerde olduğunu bildiriyor. Bilgi teorisinin gen düzenlemesinin evriminin içinde olduğuna dair ikinci kanıt gibi (tabii bu yorum bana ait ve bilimsel sorgulanmaya açık). Şimdi yapmam gereken ilk önce hesaplamaların doğruluğunu test etmek, sonra da -ve burası kilit yer- dağılımları bilgi teorisi değil de klasik seçilim ile yakalamaya çalışmak. İşin zor tarafı hala bunu nasıl yapabilirim konusunda bir fikrim yok, ama olsa da, bir tarafta parametresiz maksimizasyon kuramı varken diğer tarafta parametreleri girmem gereken bir kuram. Birincisi kulağa daha çekici geliyor elbette ama sanırım estetik duyguların bilimde bir yere kadar olduğunu unutmamak gerek. Bakalım ilerleyen haftalar neler göreceğiz.

Öyleyse şimdi.. Çenemi kapatıp, hesap yapma vakti..:)

Sevgilerle,

M.T.

Dünya'ya baktığım yer değişiyor anlayacağınız...

Farklı bir yedeyim. Yemeklerdeki tadın, tuzun bile farklı olabildiği; toprağın o benim alışık olduğum yağmur sonrası kokusundan mağrum olduğum bir yerdeyim. Hani keşke bunlarla kalsa diyeceğim, zira insanların tabiatları bir olsa da; kültürlerinin, huylarının bir acaip olduğu bir memleketdeyim. Akdenizin kokusuna, bozkırın rengine, dağların çetrefilliğine, insanların yaramaz da olsa çocukça saf kaldığı memleketime uzaktayım.

Farklı bir yerdeyim. Düşünsel düşlerimin gerçek olmasına en yakın olduğu yerdeyim. Bilimsel fikirlerimin; egoların, kalıpların, açılması zor kapıların arkasına saklanmadan özgürce dolaşabildiğini gördüğüm, kendimi alıp ufuklarıma taşıyabileceğimi hissettiğim bir yerdeyim.Her sabah çalışmak için heyecanla -ve üstelik erkenden- uyandığım bir dönemdeyim. Fikirsel alışverişin ne kadar dolu olabileceğine, benim de parçası olduğuma şaitlik ediyorum zira. Öte yandan, kuramsal bilimin illa da sıkıcı düz süratlar arkasından çıkmayacağını görüyorum.

Dünya'ya baktığım yer değişiyor anlayacağınız. Sahi, ben de değişiyor muyum?

Tuna boyundan sevgiler..

''Gördüm gürdüm, Tuna boyunda küçük bir zeytin ağacı gördüm...''

''Gördüm gürdüm, Tuna boyunda küçük bir zeytin ağacı gördüm...''

Merhaba bunu okuyana,
merhaba Ana'ya Baba'ya,
merhaba karın-daşa, arka-daşa,
merhaba tüm tanışlara,
ama en çok da memleketim Anadolu'ya.

Doktoramı yapmak için geldim Viyana'ya. Uzun yıllar burada olacağım gibi. Dedim ki, sesim ulaşsın memleketime.. Mümkünse her pazar düzenlice yazmak istiyorum. Başımdan geçenleri, gördüklerimi, duyduklarımı, düşüncelerimi, duygularımı; özünde, derleyip toparladıklarımı aktarmak, paylaşmak istiyorum buradan. Bilimsel yazılarda görebilirsiniz bu blog'ta şiirler de, ya da güzel bir video, vesaire vesaire..

Ehh hadi o zaman geciktirmeyelim...

Vira Vira...

25.09.2010, Pazar